Fysioterapiassa akupunktiota käytetään pääasiassa kivun lievittämiseen. Yleisimpiä hoitoindikaatioita ovat migreeni ja muut päänsäryt, niskan- ja hartiaseudun kiputilat, selkäkivut, iskias, allerginen nuha sekä erilaiset jännetulehdukset, kuten tenniskyynärpää. Akupunktiota voidaan käyttää yhdessä muiden fysioterapia hoitomuotojen kanssa tai sellaisenaan.

Akupunktiolla vaikutetaan kipualueeseen hermojärjestelmän kautta aktivoimalla reseptoreja ja tuntosäikeitä, jonka on todettu vapauttava muun muassa elimistön luonnollisia endorfiineja. Myös paikallinen verenkierto lisääntyy ja rentouttaa näin lihaksia.
Akupunktiossa käytetään ohuita steriilejä kertakäyttöneuloja. Neulojen asettelussa käytetään erityisiä akupunktiopisteitä, jotka valitaan hoidettavan alueen mukaan. Akupunktio on oikein käytettynä vaaraton hoitomuoto, joka on yleistynyt fysioterapiassa merkittävänä kivunhoito välineenä.